Nadleśnictwo zajmuje obszar zróżnicowany i ciekawy pod względem rzeźby terenu. Występują tu wzgórza morenowe, z najwyższym wzniesieniem do 160 m n.p.m., moreny pagórkowate, moreny faliste i dominujące w krajobrazie - moreny denne. Dodatkowo teren urozmaicają jeziora rynnowe ułożone równolegle do przebiegu moren. Mają one ogromne znaczenie dla gospodarki leśnej, gdyż dostępność wody gwarantuje bogactwo gatunkowe drzew, krzewów i roślin runa oraz zapewnia różnorodność świata zwierzęcego.

Z urozmaiconą powierzchnią nadleśnictwa wiąże się bogactwo gatunków roślin i zwierząt występujących w naszych lasach.

Nadleśnictwo Runowo zgodnie z ustawą o lasach w swej działalności bardzo duży nacisk kładzie na sprawy ochrony lasów, zachowania ich korzystnego wpływu na klimat, powietrze, glebę, warunki życia i zdrowia człowieka oraz na równowagę przyrodniczą.

Zróżnicowane typy siedliskowe lasu: od boru świeżego do olsu, różne sposoby gospodarowania, konieczność przebudowy wielu drzewostanów, wielogatunkowość, trudny, czasami mocno pofałdowany teren, duża ilość bagien, wahanie poziomu wód gruntowych, nieprzejezdność dróg w czasie wiosennych roztopów i jesiennych opadów, spóźnione przymrozki wiosenne w maju, a nawet w czerwcu, duże zachwaszczenie upraw i trudności z ich wyprowadzeniem, to tylko niektóre problemy, z którymi trzeba się uporać.

Jednocześnie to zróżnicowanie siedlisk i gatunków ma pozytywny wpływ na zdrowotność drzewostanów, które zaliczane są do najzdrowszych w Regionalnej Dyrekcji Lasów Państwowych w Toruniu. Tereny nadleśnictwa zakwalifikowano do III kategorii palności lasu, co tylko potwierdza ich dobrą kondycję.

Lasy Nadleśnictwa Runowo rozczłonkowane są w 149 kompleksach, a ich skład gatunkowy jest bardzo zróżnicowany. Choć dominuje sosna, to jest jej wyjątkowo mniej niż w innych nadleśnictwach toruńskiej RDLP. Za to dużo rośnie tu dęba, brzozy i olszy.

Z urozmaiconą powierzchnią Nadleśnictwa, dostępnością wody wiąże się bogactwo gatunków roślin i zwierząt występujących w naszych lasach. Do roślin chronionych, które można u nas spotkać należą m.in. bagno zwyczajne, cis pospolity, dzwonek szerokolistny, grzybień biały, jarząb brekinia, lilia złotogłów, rosiczka okrągłolistna, wawrzynek wilczełyko.

Świat zwierzęcy lasów jest równie bogaty, jak roślinny. Gromada ssaków reprezentowana jest przez podstawowe gatunki łowne: jelenia, sarnę, dzika, daniela, zająca, lisa, jenota, borsuka, kunę, norkę, tchórza i piżmaka. Z gatunków częściowo chronionych odnotowano występowanie bobra i wydry. Ptaki reprezentowane są przez wiele gatunków rzadkich i zagrożonych: bociana czarnego, bielika, dudka, płomykówkę, jastrzębia i puszczyka.